Placée sous la double tutelle du Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI, France) ainsi que de la Secretaría de Educación Pública (SEP, Mexique), elle est dotée d’un Conseil d’Orientation et d’Évaluation (COE) de haut niveau composé d’institutions gouvernementales, universitaires et scientifiques provenant des deux pays, représentées à parité égale. La MUFRAMEX est rattachée administrativement à l’Université Fédérale de Toulouse Midi-Pyrénées.
